基準レールなどで台車の設置方向や計測方向に制限は発生しますか？（例：基準レールが左なので2輪側が左レールとしなければならない等の制約はありますか？）

A:計測時は左右レール及び軌道中心を同時に計測しますので設置方向に指定はありません。
計測データはどちらから計測してもソフトウェア側で自動的に昇順にソートされますので計測方向も指定がありません。
同じ区間を複数回計測し比較する必要がある場合等は設置方向や計測方向を合わせた方がより正確に変状を把握出来るようになります。